Wilayah Kerja, merupakan unit kerja fungsional di lingkungan bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara, yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada kepala KKP terdiri dari 6 wilayah kerja, yakni.
- Wilayah Kerja Bandara Sultan Thaha
- Wilayah Kerja Pelabuhan Jambi
- Wilayah Kerja Pelabuhan Talang Duku
- Wilayah Kerja Pelabuhan Muara Sabak
- Wilayah Kerja Pelabuhan Kuala Tungkal
- Wilayah Kerja Pelabuhan Nipah Panjang
